Der größte Nachteil ist die permanente Berührung der Materialien mit dem Schneidmedium Wasser. Hierbei kann es zu Reaktionen zwischen feuchtigkeitsempfindlichen Materialien und dem Wasser kommen. Zum Beispiel sind Werkstoffe wie weiches Holz weniger zur Bearbeitung an einer Wasserstrahlschneidanlage geeignet, da diese das Wasser teilweise aufsaugen und zu einer negativen Beeinflussung des Werkstoffes führen würden. Mit Zunahme der Schnittgeschwindigkeit leidet die Schnittqualität, wodurch es teilweise zu zeitlichen Einschränkungen kommen könnte. Hiervon wären insbesondere enge Radien und Ecken aufgrund des Nachlaufs beim Austritt der Wasserstrahls betroffen. Schnittgenauigkeit und -qualität könnte man durch Einsatz von stärkeren Pumpen erhöhen. Es könnte bei Edelstahl zur Bildung von Flugrost kommen, welche sich relativ problemlos entfernen liessen oder gleich im Vorfeld durch entsprechende Vorkehrungen vermieden werden könnten. Hohe Schallemissionen sind möglich. Das Wasser muß, bevor es der Pumpe wieder zugeführt wird, aufbereitet und gefiltert werden. Die maximale Schneiddicke ist zur Zeit auf ca. 200 mm begrenzt. Bei zunehmender Materialdicke verliert der Schneidstrahl an Energie, was die Schnittqualität ebenfalls beeinflusst und herabsetzt. Verschleißteile wie Schneidkopf und Pumpe müssen, je nach Einsatz, relativ häufig erneuert werden.