Mindestens zwei Atome bilden durch [[chemische Bindung|chemische Reaktion]] Moleküle. Diese Teilchen sind dann die kleinste Einheit eines chemischen Stoffes, z. B. das H<sub>2</sub>O-Molekül in Wasser:{{navi|Aufbau der Materie|chemische Bindung|Dipol}}
Die häufig verwendeten [[Modelle|Molekülbaukästen]] sind ein Beispiel für [[Modell]]e. Aus den Elementen der Molekülbaukästen lassen sich vielfältige chemische Verbindungen zusammenstellen, wobei sich mit den Kugel-Stab-Modellen deutlich die Positionierungen einzelner Atome innerhalb eines [[Molekül]]s darstellen lassen.
Die farbliche Kennzeichnung entspricht internationalen Festlegungen.