Mindestens zwei Atome bilden durch chemische Reaktion Moleküle. Diese Teilchen sind dann die kleinste Einheit eines chemischen Stoffes, z. B. das H2O-Molekül in Wasser:
H2O
Die häufig verwendeten Molekülbaukästen sind ein Beispiel für Modelle. Aus den Elementen der Molekülbaukästen lassen sich vielfältige chemische Verbindungen zusammenstellen, wobei sich mit den Kugel-Stab-Modellen deutlich die Positionierungen einzelner Atome innerhalb eines Moleküls darstellen lassen.
Die farbliche Kennzeichnung entspricht internationalen Festlegungen.