Der größte Nachteil ist die permanente Berührung der Materialien mit dem Schneidmedium Wasser. Hierbei kann es zu Reaktionen zwischen feuchtigkeitsempfindlichen Materialien und dem Wasser kommen. Zum Beispiel sind Werkstoffe wie weiches Holz weniger zur Bearbeitung an einer Wasserstrahlschneidanlage geeignet, da diese das Wasser teilweise aufsaugen und zu einer negativen Beeinflussung des Werkstoffes führen würden. Mit Zunahme der Schnittgeschwindigkeit leidet die Schnittqualität, wodurch es teilweise zu zeitlichen Einschränkungen kommen könnte. Hiervon wären insbesondere enge Radien und Ecken aufgrund des Nachlaufs beim Austritt der Wasserstrahls betroffen. Es könnte bei Edelstahl zur Bildung von Flugrost kommen. Hohe Schallemissionen sind möglich. Das Wasser muß, bevor es der Pumpe wieder zugeführt wird, aufbereitet und gefiltert werden. Die maximale Schneiddicke ist zur Zeit auf ca. 200 mm begrenzt. Bei zunehmender Materialdicke verliert der Schneidstrahl an Energie, was die Schnittqualität ebenfalls beeinflusst und herabsetzt. Verschleißteile wie Schneidkopf und Pumpe müssen, je nach Einsatz, relativ häufig erneuert werden.
===''Vor- und Nachteile am Beispiel Wasserstrahlschneiden vs. Laserstrahlschneiden''===
Es hängt von den Materialeigenschaften ab, ob ein Werkstoff mit Laserstrahlschneiden oder Wasserstrahlschneiden bearbeitet wird. Das Wasserstrahlschneiden ist vor allem dann die richtige Wahl, wenn nichtmetallische Materialien in Form gebracht werden müssen. Stark reflektierendes Material könnte den Laserstrahl zurück lenken und zu Beschädigungen an der Maschine führen. Auch dicke Materialstärken kann der Wasserschneidstrahl besser bearbeiten, da der Laserstrahl bereits bei Materialstärken von 8mm an seine Grenzen stößt. Die Qualität und Schnelligkeit ist beim Wasserstrahlschneiden höher. Auch ist der Wasserstrahl bei unerwünschter Randzonenaufhärtung, welche beim Laserstrahl bedingt durch seine Hitzeentwicklung entstehen, die bessere Wahl.