Wie bei jeder Motorbauart gibt es auch beim Boxermotor einige Nachteile. Obwhl der Boxermotor kurz und flach gebaut wird benötigt man für die Fertigung eines Motors mehr Material, dadurch steigen die Matrial und Produktionskosten, was die Kosten eise Boxermotors in die Höhe treibt. Boxermotoren sind im Vergleich zu Reihen- und V Motoren eher breit aus diesem Grund ist ein Quereinbau des Motors nur schwer zu Realisieren.